无尽的拉格朗日舰队编队是游戏核心策略玩法之一，其核心在于合理分配舰船位置、指挥值及功能搭配。每支舰队最多可编入300指挥值的舰船，升级至九级基地后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排舰船，因此前排应配置高防御舰种如ST59或卡利莱恩侦察型，中排搭配均衡型巡洋舰如红宝石离子炮型，后排部署高输出舰船如卡利斯托鱼雷型。舰船位置由蓝图中的定位自动分配，玩家无法手动调整，但可通过技术值加点优化舰船属性。
编队需遵循火力、防御与速度的平衡原则。主力舰队建议采用6艘以上前排舰船形成互相掩护的防御链，中后排选择高攻击舰船如永恒风暴或载机母舰。高速输出舰队则侧重移动速度，建议使用移速800以上的护卫舰如雷里亚特隐身型，通过侧面包夹实现战术优势。增援功能可突破指挥值限制，但需注意增援后舰队会转为普通航行模式，影响曲速移动效率。舰船技术值加点应优先强化核心属性，例如前排舰船点满护甲或闪避，输出舰船优先冷却缩减和暴击伤害。
防空型舰船如光锥级巡洋舰建议编入输出舰队，用于克制敌方航母；攻城舰船如云海级可单独组建高速拆家队。维修船在游戏后期作用有限，因治疗量难以跟上战斗节奏，通常不建议占用主力编队位置。舰队移动速度由最慢舰船决定，编组时需避免龟速舰船（如太阳鲸航母）拖累整体机动性，必要时可拆分低速舰船单独行动。
建议采用功能性命名如主力DPS舰队或高速拆家队，既能快速识别也能迷惑对手。战斗前需通过蓝图界面确认舰船武器战斗序列，针对性调整编队。例如敌方以斗牛级为主力时，可减少驱逐舰数量并增加红宝石级护卫舰形成克制。星系特殊区域会限制舰船类型，如高能辐射区仅允许巡洋舰以上舰种进入，编队时需提前规划适应性阵容。
同盟成员可共享矿区并协同封锁野怪刷新点，编队应预留10%指挥值用于快速增援。舰队管理界面可查看详细战斗记录，通过分析战报数据持续优化编组方案。采矿平台能提升10%-30%采集效率，但会引发矿区争夺，编队中需配置1-2艘护航艇保护工程舰。预制模块无法在战场维修，战后必须返回基地船坞修复，因此长期远征需携带备用舰船。
